小昭寺位于大昭寺北面约500米处,它通常与大昭寺并称为“拉萨二昭”。这座寺院也建于唐代,与大昭寺同期建成,现在的占地面积约为4000平方米。小昭寺的建筑布局比较简单,主要分为前部与后部,前部为庭院,后部为神殿及其门楼、转经回廊等附属设施。
小昭寺在历史变迁中曾几遭火焚,现存的建筑大多为后世所重修,只有神殿部分还保留着原先的模样。
小昭寺神殿高为三层:底层分为门庭、经堂、佛殿三部分,周围是转经廊道,廊壁上绘有大量精美的壁画;第二层前部为僧舍,中部为大经堂天井,后部为两座大殿;第三层前部为达赖喇嘛的6间专用住房,后部为金顶殿。若经阳光照射,金顶殿顶层铺设的汉式金瓦会映出一片烁烁金光,耀人眼目而蔚为壮观。
有心的游客还可以从神殿柱子上镂刻的莲花、卷云、珠宝与六字真言等图案观察到不少吐蕃遗风。
在这座神殿里原来供奉着文成公主从长安带来的释迦牟尼12岁等身像,在大昭寺神殿里原来供奉着尼泊尔的尺尊公主从加德满都带来的释迦牟尼8岁等身像。
松赞干布逝世后,文成公主下令将大昭寺和小昭寺的释迦牟尼等身像进行了对换。所以现在小昭寺保存的是释迦牟尼8岁等身像。
除了这尊镇寺之宝外,小昭寺里还有许多其他珍贵的文物,如高约2米的铜菩萨、高约1.55米的莲花生铜像与高约1.33米的仕女铜像等,这些都非常值得游客们前去参观。